現代高密度集約化養(yǎng)殖中常會使用漁用藥物和環(huán)境改良劑，用以預防和治療水產動植物病害，清除敵害生物，改善水體環(huán)境，促進養(yǎng)殖品種健康生長。這類投入品主要起到維持水體環(huán)境相對穩(wěn)定的作用，是水產養(yǎng)殖過程中不可缺少的技術手段。常用的漁藥有用于防治病害的清塘除雜劑、消毒殺菌劑；控制水生植物的殺藻劑、除草劑；控制有害生物的殺蟲劑、殺螺劑；提高機體免疫力的疫苗；以及改良水質環(huán)境的增氧劑、底質改良劑等。

大部分藥物的主要成分是化學制劑，包括抗生素、氧化劑、絡合劑、表面活性劑和吸附劑等。正確合理地使用漁藥和環(huán)境改良劑通常不會對養(yǎng)殖環(huán)境和水生生物造成危害，但由于缺乏相關知識，使用和管理的不完善，在養(yǎng)殖過程中普遍存在濫用化學藥品和抗生素的現象。

有研究表明投加的抗生素僅有20%～30%會被養(yǎng)殖魚類吸收，剩余大部分都進入了水體環(huán)境中。且抗生素具有累積效應，養(yǎng)殖時間越長，水體中抗生素的總量越高。除草劑、殺蟲劑等投入品在水體中的半衰期都較長，過度使用勢必會污染水環(huán)境，并危害棲息其中的生物體，破壞生態(tài)平衡，對養(yǎng)殖水體產生危害。 

想要有效解決水產環(huán)境中的污染，還需建立一套完善的管理體制。政府應明確指出生態(tài)水環(huán)境的重要性，加強養(yǎng)殖者對其保護，各個部門應協調合作，從根本上對水質環(huán)境及水產養(yǎng)殖提供更好的保障。想要生產高質量的水產品，就需要有良好的水質作為保障，因此要做好水質的凈化工作。針對水產環(huán)境進行合理科學的規(guī)劃，同時對水產環(huán)境的相關功能進行分類，來保證養(yǎng)殖者在管理時不僅能夠提高效益，同時減少不必要的污染，同時不定期對水環(huán)境進行檢測，確保水環(huán)境的質量，以此來提供良好的水產養(yǎng)殖環(huán)境。